1990年九月出版台灣第一本"台灣基督教會1989教勢報告"之後，每隔兩年出版一次，相關資料由當年在基督教歸主協會之國內宣教師朱三才牧師負責收集，由中華基督教福音協進會（2000年福音運動）成冊出版，1995年朱牧師自歸主協會退休，仍以義工方式負責此項事工，自1995年以後之教勢報告，不再成冊出版，由中華基督教福音協進會將資料輸入該網站（www.ccea.org.tw），如此到2001年，前後共發佈七次台灣基督教會教勢報告，1989年份為初次辦理，只收集到40個教（團）派之資料，佔全部堂會之75.99％，以後逐次增加之到2001年份共收集到55個教派（團）佔全部堂會之84.69％，其準確度相當高。

但為使準確度更高，而台閩地區不算很大，城鄉差異很大，故有作2003年"教會普查或基督徒人口普查"之構想，這亦可能是台灣基督教會之創舉，盼能按政府地方行政區組織，以目前之鄉、鎮、市、區為基本單位，如某一鄉基督教堂會有幾所（目前本中心發行之基督教堂會....一覽表所列）共有會友多少、主日出席多少、兒童主日學學生出席多少，而計算出該鄉基督徒與人口比，再彙總為某一縣、市之比率，最後彙總計算出一總基督徒與人口比。2005年是第二次基督教基督徒人口普查。

非教團組織之獨立教會（雖有些堂會冠有某會之名稱，但無聯會組織，各自獨立，仍歸類為獨立教會）分別用電話訪問方式，得知個別2005年主日禮拜平均出席人數，主日學學生出席人數分別記錄之。

2005年收集54個教派（團）共有2,520所堂會，其中有20個教派（團）提供相關資料，其他34個教派（團）和獨立教會536所，皆分別用電話訪談方式，得到相關資料，共收集3,056所堂會資料，另有125所堂會未獲得資料，按2005共有3,181所堂會，收集3,056所佔總堂會3,181之96.07％，經彙總2005年共有3,181所堂會，與2003年3,679所少，其主要原因係召會（原教會聚會所）稱，每一地區（按政府行政區、市、鄉、鎮）只有一所教會，故將原2003年之前召會之"小家"取消之故（例如台中市召會，分十大區外，每一大區又分若干"小家"2003年之前將這些"小家"算為一堂會，2005年起統計上不列入之故）

2005年基督徒人口比（含兒童）為3.27％，若與五歲以上人口比則為3.46％與2003年比增長0.15％，若含真耶穌教會、安息日會、天主教，則為5.22％（請參閱表一之1989～2005教勢統計）。